Charles Xavier manifeste ses pouvoirs télépathiques très jeune, percevant les pensées de sa mère et de son entourage avant même de comprendre ce qu'il vit. Après la mort de son père, sa mère épouse Kurt Marko, dont le fils Cain, futur Juggernaut, maltraite Charles. Cette cohabitation difficile forge à la fois la compassion de Xavier et sa conscience que la haine est une réaction à la peur et à la souffrance. Il fait des études brillantes à Oxford et à Columbia, voyage au Moyen-Orient où il affronte pour la première fois Shadow King et rencontre un jeune Erik Lehnsherr (Magneto), avec qui il forme une amitié profonde avant que leurs visions divergent.

Créé par Stan Lee et Jack Kirby dans X-Men #1 (1963), Charles Xavier est la pierre angulaire de toute la mythologie X-Men. Paralysé des jambes, dans la plupart des versions à la suite d'un affrontement avec l'alien Lucifer, il fonde l'Institut Xavier à Westchester et recrute les premiers X-Men pour les former à contrôler leurs pouvoirs et à défendre un monde qui les craint. Sa télépathie de classe Oméga est l'une des plus puissantes de l'univers Marvel, il peut lire et contrôler des milliers d'esprits simultanément, effacer des mémoires, projeter des illusions mentales indiscernables de la réalité et voyager sur le plan astral. Cerebro amplifie ses capacités à l'échelle planétaire. Sa vie est jalonnée de secrets que les auteurs successifs ont mis au jour, il a effacé les mémoires de ses propres élèves à plusieurs reprises pour les protéger ou pour préserver sa mission, il a un fils, Legion, qu'il a longtemps ignoré, sa jumelle psychique Cassandra Nova, entité formée dans le ventre maternel et rejetée mentalement par Xavier avant sa naissance, est l'une des créatures les plus dévastatrices de l'univers X-Men. Dans Avengers vs. X-Men (2012), il est tué par Cyclops sous l'emprise de la Force Phénix, mort symbolique d'un père par son fils le plus loyal. Dans l'ère Krakoa (House of X/Powers of X, 2019), il revient à la vie via la technologie de résurrection et fonde avec Magneto et Moira MacTaggert la première nation-État mutante souveraine, prenant un rôle plus ambigu et autoritaire que jamais.

Dans la série New X-Men de Grant Morrison, Charles Xavier est représenté comme ayant un accès constant à Cerebro, qu’il utilise pour surveiller et comprendre les mutants de son école à grande échelle. Cette utilisation intensive de la technologie renforce une lecture plus ambiguë du personnage, où la protection des élèves peut aussi ressembler à une forme de surveillance permanente, brouillant la frontière entre mentor et contrôleur.

Le Professeur X est à la fois le fondateur et la contradiction de l'univers X-Men, un homme qui prêche la liberté et la dignité tout en contrôlant ceux qu'il prétend émanciper. Son importance est absolue, sans lui, pas de X-Men, pas de mythologie mutante. Le thème central qu'il incarne est celui du pouvoir paternel et de ses abus, la ligne entre guider et contrôler, entre protéger et posséder.